Γεννήθηκε το 1939 στο Ηράκλειο Κρήτης.

Στο ωδείο της Ιεράπετρας   πήρε τα πρώτα του μουσικά μαθήματα στη θεωρία και στο βιολί.

Το 1956 συνεχίζει τις μουσικές σπουδές του στο Ωδείο Αθηνών,

Εισήχθη  στο Πάντειο Πανεπιστήμιο για να ακολουθήσει  κοινωνικές και φιλοσοφικές σπουδές.

Οι πρώτες του συνθέσεις είναι για  το θέατρο, τον κινηματογράφο και το χορό.

Το 1959 συνθέτει τα Τρία σκίτσα για χορό που ηχογραφούνται και μεταδίδονται από την τότε συμφωνική ορχήστρα της ΕΙΡ. Το 1963 βραβεύεται για την μουσική του στις Μικρές Αφροδίτες του Νίκου Κούνδουρου, στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης, και τον ίδιο χρόνο ανεβαίνουν από νέα χορευτικά σύνολα τα μουσικά του έργα Θησέας (χορόδραμα), Χιροσίμα (σουίτα μπαλέτου) και τα Τρία σκίτσα για χορό.

Το 1967 επιβάλλεται στην Ελλάδα η δικτατορία και ο Γιάννης Μαρκόπουλος αναχωρεί στο Λονδίνο.

Συνθέτει την κοσμική καντάτα Ήλιος ο πρώτος, σε ποίηση Οδυσσέα Ελύτη  και τη μουσική για τη Λυσιστράτη του Αριστοφάνη (για το Θέατρο Τέχνης, σε σκηνοθεσία Κάρολου Κουν),

Σημαντικά του έργα  το Χρονικό και η μουσική τελετή Ιδού ο Νυμφίος, έργο ανέκδοτο με εξαίρεση ενός τμήματος, με τίτλο Ζάβαρα-κάτρα-νέμια (ιδιαίτερη σύνθεση διονυσιακού χαρακτήρα).

Το 1969 επιστρέφει στην Αθήνα για να συμβάλει με τα έργα του στην πορεία για την αποκατάσταση της δημοκρατίας. Ξεκινά μουσικές παραστάσεις, συνεργαζόμενος με ποιητές και σκηνοθέτες, παρουσιάζοντας τα έργα του στο στούντιο Λήδρα με νέους τραγουδιστές και μουσικούς στους οποίους δίδαξε τον τρόπο της ερμηνείας της μουσικής και των τραγουδιών του στην αισθητική κατεύθυνση που επιζητούσε. Μαζί με τα θεατρικά στιγμιότυπα και τον εικαστικό διάκοσμο δημιούργησε μια πολύτροπη μουσική παράσταση. Διανοούμενοι και φοιτητές γεμίζουν καθημερινά τον χώρο της δραστηριότητας του, παρά τα εμπόδια και τις επεμβάσεις της στρατιωτικής εξουσίας. Τα τραγούδια του μπαίνουν στο στόμα του ελληνικού λαού και συμβάλουν αποφασιστικά στο αίτημα για αποκατάσταση της Δημοκρατίας.

Με την είσοδο της δεκαετίας του ’70 υλοποιεί το μουσικό του όραμα: καταθέτει μουσικά έργα που χαρακτηρίζονται στο σύνολό τους ως νέα πρόταση και τομή για τη μέχρι τότε ελληνική μουσική πραγματικότητα· έργα με ενότητα της αισθητικής και της φιλοσοφικής άποψης του συνθέτη ως προς τις θεμελιακές αρχές τους, με το καθένα όμως από αυτά να είναι διαφορετικό. Ιδρύει ένα νέο και ιδιόμορφο ορχηστικό σχήμα, καθιερώνοντας, με τις συνθέσεις του, την ουσία της μουσικής συμβίωσης και τους συσχετισμούς έκφρασης μεταξύ συμφωνικών και τοπικών οργάνων, μέσω του μελωδικού και ρυθμικού του ορίζοντα, των αρμονικών του δομών και των ηχοχρωμάτων της διάφανης ενορχήστρωσής του. Παράλληλα, προτείνει εμφατικά την «Επιστροφή στις Ρίζες», εννοώντας τον «σχεδιασμό του μέλλοντος, με ενδοσκόπηση, μελέτη και πλησίασμα των άφθαρτων πηγών της ζωντανής τέχνης του κόσμου και επιλεγμένες σύγχρονες πληροφορίες τέχνης». Η πρότασή του αυτή παίρνει τις διαστάσεις ενός κινήματος τέχνης.

Λίγο αργότερα ιδρύει την ορχήστρα Παλίντονος αρμονία, που αποτελείται από όργανα συμφωνικά και ελληνικά. Παρουσιάζει τα έργα του στο στούντιο Λήδρα και αργότερα στη μπουάτ “Κύτταρο”, με νέους τραγουδιστές και μουσικούς. Διδάσκει τον τρόπο της ερμηνείας της μουσικής και των τραγουδιών του, στην αισθητική κατεύθυνση που πάντοτε επιζητούσε. Μαζί με τα θεατρικά στιγμιότυπα και τον εικαστικό διάκοσμο στήνει μια πολύτροπη μουσική παράσταση. Διανοούμενοι και φοιτητές γεμίζουν καθημερινά τους χώρους της δραστηριότητάς του, παρά τα εμπόδια της τότε εξουσίας. Τα τραγούδια του, όπως οι Οχτροί, τα Λόγια και τα χρόνια, τα Χίλια μύρια κύματα, η Λένγκω (Ελλάδα), ο Γίγαντας, το Κάτω στης Μαργαρίτας το αλωνάκι, το Καφενείον η Ελλάς, το Ο τόπος μας είναι κλειστός, τα Παραπονεμένα λόγια, το Μιλώ για τα παιδιά μου και πολλά άλλα, γίνονται σύμβολα και μύθοι. Το ίδιο άλλωστε συμβαίνει με τα μουσικά του έργα Ελεύθεροι Πολιορκημένοι, Ο Στράτης ο Θαλασσινός ανάμεσα στους Αγάπανθους, ΉλιοςοΠρώτος, Χρονικό, Ιθαγένεια, Οροπέδιο, Θητεία και Μετανάστες – σε ποίηση και στίχους Σολωμού, Σεφέρη, Ελύτη, Κ.Χ. Μύρη, Μιχ. Κατσαρού, Ελευθερίου, Σκούρτη, Θεοδωρίδη αλλά και δικούς του.

Το 1976 συνθέτει τη μουσική για την τηλεοπτική σειρά του ΒΒC, Who Pays the Ferryman? και το μουσικό θέμα φτάνει στη κορυφή των αγγλικών charts. Ο συνθέτης γίνεται διεθνώς γνωστός.

Το 1977 έρχεται η κοσμική λειτουργία Oι Ελεύθεροι Πολιορκημένοι με βάση το ποίημα του εθνικού μας ποιητή Διονυσίου Σολωμού που παρουσιάζεται την ίδια χρονιά ενώπιον 22.000 νέων σε στάδιο της Αθήνας υπό την διεύθυνση του συνθέτη. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος με το έργο του και τη στάση του σηματοδοτεί το εξαίσιο μουσικό τοπίο της δεκαετίας του ’70.

Στην καλλιτεχνική του παραγωγή συμπεριλαμβάνεται μουσική για το θέατρο και τον κινηματογράφο, σε έργα του Ευριπίδη, του Αριστοφάνη, του Μενάνδρου, του Σαίξπηρ, του Τσέχωφ, του Μπέκετ και σύγχρονων Ελλήνων, με το Εθνικό Θέατρο, το Θέατρο Τέχνης του Καρόλου Κουν, το Αμφιθέατρο του Σπύρου Ευαγγελάτου και με τους σκηνοθέτες Αλέξη Σολωμό, Πέλλο Κατσέλη, Μίνωα Βολονάκη, κ.ά.

Έγραψε επίσης Μουσική για τις  ταινίες: Vortex και Byron του Κούνδουρου, Κραυγή γυναικών και Πρόβα του Jules Dassin, Beloved του G. Cosmatos, Φόβος του Κώστα Μανουσάκη, Επιχείρηση Απόλλων του Γ. Σκαλενάκη, Η Μοίρα ενός αθώου του Γρηγόρη Γρηγορίου (βραβείο μουσικής Φεστιβάλ κινηματογράφου Θεσσαλονίκης).

Το 1980 ξεκινά την προετοιμασία για το άνοιγμα ενός νέου κεφαλαίου στη μουσική του. Στον κορμό των νέων συνθέσεών του εμφανίζονται μελωδικά ξεσπάσματα στηριγμένα στην εκτεταμένη πολυτονικότητα της αρμονικής του δομής, που ενισχύονται από το πάθος μιας ανεξάντλητης ζωτικότητας. Από τα έργα ενόργανης μουσικής σημειώνουμε: Κονσέρτο-Ραψωδία για λύρα και ορχήστρα, τα Μητρώα (για ορχήστρα εγχόρδων), τις Τετράδες (5 κουαρτέτα), δύο σονάτες, Πέντε κομμάτια για βιολί και πιάνο, τις Σειρήνες (ορατόριο), τον κύκλο τραγουδιών Φίλοι που φεύγουν σε ποίηση Νίκου Καρούζου, Μανόλη Αναγνωστάκη, Ανδρέα Εμπειρίκου, τα 5 Στάσιμα – Επί Σκηνής, σε ποίηση Γιώργου Σεφέρη.

Το 1994 εκδίδεται ένα από τα πιο σημαντικά του έργα, η Λειτουργία του Ορφέα. Παρουσιάζεται στο Palais des Beaux-Arts των Βρυξελλών αφιερωμένη στον επαναπροσδιορισμό του ανθρώπου με την φύση, εγκαινιάζοντας μια νέα σχέση κοινού και συναυλιακής παράστασης, ενώ ταυτόχρονα παρουσιάζεται έκθεση κεραμικής, ζωγραφικής και χειροτεχνίας, υπό την αιγίδα του Βελγικού Υπουργείου πολιτισμού με τίτλο «Από το σκοτάδι στο φως» – υπότιτλο που χρησιμοποιούσε ο συνθέτης στις ζωντανές παρουσιάσεις του Ορφέα. Η έκδοση του έργου το 2009 από την Εταιρία Naxos, αποτέλεσε σπουδαίο μουσικό γεγονός σε παγκόσμιο επίπεδο. Ο Γιάννης Μαρκόπουλος ξεκίνησε να συνθέτει τη Λειτουργία του Ορφέα, σε μορφή σύγχρονου ορατορίου από το 1991 και το έργο δομήθηκε στη βάση των διασωθέντων αρχαίων ορφικών ποιημάτων. Για το λιμπρέτο επέλεξε φράσεις, ακόμα και μεμονωμένες λέξεις από τα θραύσματα των ποιημάτων. Το πνευματικό της περιεχόμενο, εμπλουτισμένο με πολλά στοιχεία αναζωογονεί το μύθο του προφήτη μουσικού Ορφέα. Στη συμφωνική ορχήστρα πρόσθεσε στην παρτιτούρα του σε ορισμένα μέρη κιθάρα, λαούτο, κανονάκι και λύρα. Τα αφηγηματικά μέρη συνοδεύονται κυρίως από άρπα, καθώς η πρόθεση του συνθέτη εδώ είναι η δημιουργία μίας ραψωδικής διάθεσης, ενώ σε κάποια σημεία δύο φλάουτα παίζουν μαζί ως μια νύξη στον αρχαίο δίαυλο όπως έχει αναφέρει.

Κορυφαία έργα του επίσης

Το έργο σκηνής, Ανα-γέννηση-Κρήτη ανάμεσα σε Βενετιά και Πόλη, (μουσικό ταξίδι σε 4 ενότητες) παραγγελία του Μέγαρου Μουσικής Αθηνών που ανέβηκε στην αίθουσα Φίλων της Μουσικής σε τρεις παραστάσεις το 1995 και στη συνέχεια το 1997 από το θέατρο Palais des Beaux-Arts με τα συμφωνικά σύνολα της Ραδιοφωνίας των Βρυξελλών και σολίστ, υπό την διεύθυνση του συνθέτη και απευθείας μετάδοση από το πρώτο τηλεοπτικό κανάλι της Βελγικής τηλεόρασης.

Η όπερα Ερωτόκριτος και Αρετή, λιμπρέτο του συνθέτη βασισμένο σε επιλογή στίχων από το ερωτικό έπος του Βιτσέντζου Κορνάρου Eρωτόκριτος της Κρητικής Αναγέννησης, που ηχογραφήθηκε από τα συμφωνικά σύνολα της Ραδιοφωνίας των Βρυξελλών υπό την διεύθυνση του μαέστρου Michel Tilkin (έκδοση από την Εταιρία Universal), το κονσέρτο για πιάνο Σχήματα σε κίνηση (Shapes in Motion) εμπνεόμενο ιδιαίτερα από την θεωρία σχετικά με την αρμονία των σφαιρών που αποδίδεται στον Πυθαγόρα, καθώς και από την σημερινή συνεχώς αυξανόμενη αντίληψη περί των ήχων του Σύμπαντος που ηχογραφήθηκε από την Συμφωνική Ορχήστρα της όπερας της Γάνδης υπό την διεύθυνση του Edwig Abrath (έκδοση από την Εταιρία Naxos), το Τρίπτυχο για φλάουτο έγχορδα και άρπα και τα Ευήλια τοπία(φαντασία για σόλο φλάουτο) που ηχογραφήθηκε από τους σολίστες των Βρυξελλών και τον βιρτουόζο φλαουτίστα Marc Grauwels (έκδοση από την Naxos), οι 16 Πυρρίχιοι συμφωνικοί χοροί 1980-2001, η Συμφωνία της Ίασης (2000) για φωνές μεικτή χορωδία, αφηγήτρια και συμφωνική ορχήστρα (παραγγελία του Ιδρύματος Ερρίκος Ντυνάν για την Παγκόσμια Ημέρα του Ερυθρού Σταυρού), Ο Ταχύτατος Λούης (2004) για φωνές μεικτή χορωδία και συμφωνική ορχήστρα, για τον πρώτο Ολυμπιονίκη Μαραθωνοδρόμο Σπύρο Λούη, παραγγελία του Δήμου Αμαρουσίου, Ο Νόμος της Θαλπωρής ορατόριο-μουσικό θέαμα για φωνές, μεικτή χορωδία, ορχήστρα ξύλινων και χάλκινων πνευστών, χορό και προβολή διαφανειών, με θέμα τον άνθρωπο που από την εποχή της συνειδητής ύπαρξής του στη γη, φυσώντας με την εκπνοή του, παράγει ήχους, τραγούδι, μουσική, που παρουσιάστηκε στη Bruges του Βελγίου, υπό την διεύθυνση του συνθέτη (παραγγελία της Περιφέρειας της Φλάνδρας, υπό την αιγίδα της Βελγικής κυβέρνησης), Ερωτική συμφωνία(2010) για συμφωνική ορχήστρα, υψίφωνο και μεικτή χορωδία που παρουσιάστηκε από το Μέγαρο Μουσικής Αθηνών με τα συμφωνικά σύνολα του Δήμου Αθηναίων, Κονσέρτο για Νέι και συμφωνική ορχήστρα (2014) που παρουσιάστηκε στο Ηρώδειο με την ορχήστρα Παλίντονος αρμονία  υπό την διεύθυνση του μαέστρου Τάσου Συμεωνίδη, Τρίπτυχο για βιολί και συμφωνική ορχήστρα (2019- 2020).